TK dan SD Kristen Petra 13 dibangun oleh PPPK Petra pada tahun 1986 di daerah Pondok Tjandra Indah, Sidoarjo, dengan lahan seluas 3.496 m² dan luas bangunan 1.866 m². Bangunan berlantai dua ini terbagi untuk TK seluas 580 m², dan SD seluas 1.286 m². Berdirinya TK Kristen Petra 13 disahkan oleh Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Kabupaten Sidoarjo pada tanggal 12 Maret 1987.