Pada tahun 1998, jumlah murid terus bertambah pesat sehingga TK Kristen Petra 13 menempati gedung sendiri (terpisah dari gedung SD Kristen Petra 13) dengan tujuan untuk meningkatkan mutu pendidikan dan pelayanan kepada anak didik. Gedung TK Kristen Petra 13 menempati luas lahan sekitar 3.000 m yang letaknya bersebelahan dengan gedung SD Kristen Petra 13.